一般来说，用人单位对于员工在劳动合同正常履行过程中所取得的工资应当如何计算及代扣代缴个人所得税较为熟悉，但是针对员工离职时向员工发放的经济补偿金是否需要缴纳个人所得税以及如何计算，用人单位往往会有一定的困惑。考虑到员工离职的原因包括了两种情形：(1) 劳动合同期限尚未届满但一方单方解除或双方协商解除了劳动合同；以及(2) 劳动合同期限届满而不再续签劳动合同。故，对于经济补偿金的个人所得税问题，需要根据离职原因的不同而分别处理。

劳动合同期限尚未届满而解除劳动合同

根据《劳动合同法》第四十六条的规定，用人单位在以员工医疗期满不能从事原工作及另行安排的新工作等《劳动合同法》第四十条规定的情形为由解除员工劳动合同，以及由用人单位提出与员工协商一致解除劳动合同等情形下，需要向员工支付经济补偿金。

对于上述情形中用人单位向员工支付的经济补偿金应当如何计算个人所得税的问题，国家税务总局等发布的《关于个人所得税法修改后有关优惠政策衔接问题的通知》[财税(2018)164号]中已做了明确的解释。

164号文第五条第（一）项规定：“个人与用人单位解除劳动关系取得一次性补偿收入（包括用人单位发放的经济补偿金、生活补助费和其他补助费），在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税；超过3倍数额的部分，不并入当年综合所得，单独适用综合所得税率表，计算纳税。”

根据上述规定，在计算员工因劳动合同解除而取得的经济补偿金的个人所得税金额时，可以分解为两步：

(1) 计算经济补偿金的应纳税所得额

根据上述164号文的规定，经济补偿金中属于当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，应当免征个人所得税。因此，员工取得的经济补偿金的应纳税所得额=经济补偿金总金额—经济补偿金免税金额。

以上海市为例，上海市2019年度城镇就业人员平均工资为9580元/月，如果员工在2020年因劳动合同解除而获得了一笔经济补偿金，则该笔经济补偿金中不超过344,880元（9580×12×3）的部分是无需缴纳个人所得税的。换言之，如果员工在该年度内取得的经济补偿金金额为30万元，因该金额全部包含在免税金额内，故员工无需就该笔经济补偿金缴纳个人所得税；如果员工取得的经济补偿金金额为40万元，则员工需要就该补偿金中的55,120元缴纳个人所得税。

(2) 根据经济补偿金的应纳税所得额计算需要缴纳的个人所得税金额

根据上述164号文的规定，对于超出免税金额的部分，计算个人所得税的办法为：不并入综合所得，而单独适用综合所得税率表，计算纳税。换言之，经济补偿金的应纳税所得额将直接适用综合所得税率表（参见本文附件），根据应纳税所得额对应的税率直接计算相应的个人所得税金额，而无须再与工资薪金、劳务报酬、稿酬以及特许权使用费等四项所得进行合并后综合计算。

劳动合同到期不再续签而终止劳动合同

根据《劳动合同法》第四十六条第（五）项的规定，除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，用人单位因劳动合同期满而终止员工劳动合同的，同样需要向员工支付经济补偿金。

那对于因劳动合同到期终止而获得的经济补偿金是否可以同样适用前述劳动合同解除的经济补偿金的免税额度内？答案是不可以。

根据国家税务总局的口径，解除劳动关系取得的一次性补偿收入征免个人所得税内容，是建立在个人与用人单位解除劳动关系的基础上的。换言之，只有劳动合同依据劳动合同法所规定的情形而解除的，才可以适用财税(2018)164号文中关于补偿金免税额度的规定。而劳动合同到期终止所取得的补偿金，并非是“解除”劳动合同的一次性补偿金，因此不适用164号文的相关规定，而应在发放当月合并工资薪金计税。

用人单位因与员工的劳动争议而被生效文书要求向员工支付工资、奖金等款项的，用人单位在履行上述款项给付义务时可能会因是否就相应款项代扣代缴个人所得税的问题处于两难的境地。

从税法角度来看，《个人所得税法》第九条规定：“个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。”《税收征收管理法》第四条第三款规定：“纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款。”根据上述规定，因为用人单位是支付相应生效文书确定的款项的单位，代扣代缴相应款项产生的个人所得税似乎并没有什么问题，如果不履行代扣代缴义务反而会给用人单位带来税务层面的风险。但是实践中，因生效文书对相应需支付的款项是否含税一般不会进行明确，员工对于用人单位代扣代缴个人所得税的行为可能并不认可，并会向法院申请强制执行以确保自己得到足额款项。

在进入到执行阶段后，执行法院对于用人单位能否直接代扣代缴个人所得税这一问题的观点并不一致。仅以上海地区为例，上海地区各法院对此问题持有的观点就有所不同。

部分法院认为，员工作为纳税人依法应承担纳税义务，用人单位作为支付义务方，代扣代缴员工应承担的个人所得税系其应履行的法律义务，因此用人单位代扣代缴员工的个人所得税款，可视为其履行生效法律文书所确定的给付款项的组成部分，员工提出执行申请仍要求用人单位支付该笔款项的，不应得到支持[1]。

而另有部分法院则认为，用人单位与员工之间的税务纠纷不应通过执行程序进行解决。在（2019）沪02执复181号案中，一审静安区人民法院认为，用人单位作为支付相应判决款项的单位，有义务为员工扣缴该笔所得的个人所得税款，在用人单位已经缴纳相应税款的情况下，属于用人单位已经履行了生效判决确定的付款义务，因此裁定解除对用人单位的执行措施；员工对此裁定不服，向上海市第二中级人民法院提起上诉，二审法院后以“因个人所得税代扣代缴所产生的争议，不属于执行程序应当审查处理的范围，当事人之间的税务纠纷应通过其他法律途径解决”为由撤销了一审裁定。同样的，在（2021）沪0117执异80号案的裁定书中，法院亦认为，员工所纳个税事宜应由税务部门另行处理，在用人单位未全面履行生效判决确定的付款义务的情况下，员工有权申请执行。

虽然笔者认为，用人单位作为生效文书确认款项的支付方，依法即应当代为扣缴相应个人所得税，但是实践中因法院或有的观点差异而可能使得用人单位处于一个尴尬的境地。在此情况下，笔者倾向于建议，用人单位如因生效文书而负担了付款义务，应在收到生效文书后积极与法院联系，尝试通过开设法院代管款账户等方式履行相应付款义务。如用人单位不幸与员工真的就生效文书款项的个人所得税问题产生了争议，综合上海地区判例的情况来看，建议用人单位一方面及时缴纳已经代扣的个人所得税，另一方面，在或有的执行异议程序中，积极寻求税务机关的帮助，通过由税务机关出具情况说明等函件，进一步证明用人单位的法定代扣代缴义务，且用人单位代扣的税款已经缴库，以期能够在执行异议中尽可能减少用人单位重复付款的法律风险。